Die Unterlagen im Universitätsarchiv sind nach sogenannten Beständen geordnet, die sich durch deren Herkunft aus den unterschiedlichen Bereichen der Universität ergeben (Provenienzprinzip). Das hat den Vorteil, dass die Dokumente und Akten mitsamt den einzelnen Vorgängen nach ihrer Übergabe an das Archiv in ihrem Entstehungszusammenhang verbleiben.
Die Bestände sind selbst wiederum gemäß der organisatorischen Verortung der Aktenbildner innerhalb der Universität in übergeordnete Bestandsgruppen eingegliedert:
A Zentrale Organe und Verwaltung
B Fakultäten und Einrichtungen
C Gruppen
D Vereinigungen
E Nachlässe, Abgaben einzelner Personen
F Deposita / Fremdprovenienzen
S Sammlungen
Deposita, Fremdprovenienzen und Sammlungen ergänzen die Überlieferung der Geschichte der Hochschule. Die Sammlungsbestände bilden eine Ausnahme des Provenienzprinzips. Sie sind nach thematischen bzw. formalen Kriterien geordnet.